Nur gut 40 Jahre konnte die Gemeinde ihre Synagoge ohne größere Beeinträchtigung nutzen; während der Zeit des Nationalsozialismus sah das anders aus. Einen Tag nach der Pogromnacht, also abends am 10. November 1938, wurde das jüdische Gotteshaus demoliert. Die Verzögerung ergab sich, weil der Hauptakteur am Abend zuvor in Marburg bei der Niederbrennung der dortigen Synagoge anwesend war.
Man plante, auch das hiesige Gebäude abzubrennen, doch das scheiterte am energischen Widerstand von Ortsbrandmeister Reinhard Gausmann. Er war nicht bereit, Vorbereitungen zu treffen, die ein Übergreifen der Flammen auf die angrenzenden Häuser verhindert hätten. So wurde der Innenraum weitgehend zerstört, die Fensterscheiben zerschlagen, die Thorarollen zerrissen und, was von ihnen übrig blieb, in die umliegenden Gärten und auf die Straße geworfen, sodass die Jugend am nächsten Tag mit den geschändeten Resten Fußball spielte. Zuletzt holte man den Davidstern vorm Dachreiter herunter.
Die Juden, die noch hier lebten, sahen sich gezwungen, die Fensteröffnungen notdürftig mit Brettern zu vernageln. Zwar sollten die Fensterschäden durch die jüdischen Bewohner wieder beseitigt werden, da sie dazu nicht in der Lage waren, blieb es bei der Verbretterung.
Was sollte mit dem ehemaligen Gotteshaus geschehen? Die Stadtväter waren sich am 22. Mai 1939 einig: Auf den Ankauf der Synagoge zu städtischen Zwecken wird kein Wert gelegt. Vielmehr strebte man eine Zwangsversteigerung an, wobei der zukünftige Käufer die Geldforderungen der Stadt begleichen sollte. Doch dazu kam es nicht, da das Ehepaar Wagner aus der Leitergasse für 1.000 RM das Gebäude erwarb, und am 15. Juli wurden die Restforderungen der Stadt beglichen.
Nach dem Ende des II. Weltkrieges konnte die Familie Stöhr die Synagoge rechtmäßig erwerben und für landwirtschaftliche Zwecke nutzen. Sie hat mehrere notwendige Reparaturen zum Erhalt des Gebäudes vorgenommen, vor allem das Dach in den 80er Jahren des vorigen Jahrhunderts. Dabei hat ein Handwerker aus der Nachbarschaft den Hahn auf dem Dachreiter angebracht, der heute noch als ein Zeichen der Geschichte des Hauses zu sehen ist.
Nachdem die Stadt Wetter im Jahre 2000 die ehemalige Synagoge erwerben konnte, wurde sie im Rahmen der Altstadtsanierung grundlegend saniert. Wenn auch bei der Neugestaltung die zukünftige Nutzung im Vordergrund der Baumaßnahme stand, so sind baugeschichtlich charakteristische Merkmale erhalten geblieben. Die Vorderfront und die nordöstliche Fassade lassen die Fachwerkkonstruktion des ausgehenden 19. Jahrhunderts gut erkennen. Die auffallende Symmetrie an allen vier Außenseiten ist nicht zu übersehen, ebenso die Anordnung der ursprünglichen Fenster.
Der Innenraum lässt heute wieder etwas von der einstigen Atmosphäre spüren. Dazu tragen erhaltene Elemente wie Treppe, die alten Pfosten und die Deckenbemalung samt Wandrelief bei. Harmonisch fügt sich das große Schriftbild von Heide-Marie Sauer mit einem abgewandelten Talmudspruch ein, zumal es dort aufgehängt ist, wo früher der Thoraschrein stand.
Inzwischen werden der Gesamteindruck und die Akustik vielfach gelobt und die Stadt Wetter hat im Jahre 2006 einen Denkmalschutzpreis für die gelungene Sanierung erhalten.